A sinérese é a separação espontânea de soro do iogurte, acompanhada pela redução do seu volume e intensificado por mudanças na temperatura, pH e fatores mecânicos. É um dos defeitos mais comuns em iogurte; embora não comprometa o consumo do produto, esse defeito visual é, por muitas vezes, decisivo na escolha dos consumidores por uma marca ou outra.

A sinérese ocorre devido à instabilidade da matriz de gel resultante de forças atrativas entre as moléculas de proteínas e as micelas de caseínas, que levam à formação de ligações intermoleculares adicionais e, consequentemente, a contração do gel com expulsão de líquido.

Existem diversas causas que levam o soro a separar-se do gel, como a baixa porcentagem de sólidos totais, iogurte com baixa acidez e o tratamento térmico inadequado.

A consistência do iogurte é influenciada pela porcentagem de sólidos totais, relacionados a firmeza do gel. Dessa forma, quanto menor for esse teor, mais "frágil" será o coágulo, facilitando a expulsão do soro. A adição de sólidos lácteos, como leite em pó desnatado, promove aumento do conteúdo de extrato seco desengordurado, ampliando a capacidade de retenção de água das proteínas, auxilia estrategicamente na prevenção da sinérese.

A baixa acidez do iogurte (pH acima de 4,8) é uma das causas que favorecem a sinérese, visto que a estabilidade do gel não foi plenamente atingida, uma vez que a rede tridimensional proteica, oriunda da interação entre as proteínas, não foi o suficientemente formada. O gel, idealmente, forma-se em pH=4,6 (ponto isoelétrico das caseínas).

Além de eliminar os microrganismos patogênicos, o tratamento térmico da matéria-prima (leite) promove a desnaturação das proteínas do soro. Diferentemente das caseínas, as proteínas do soro são passíveis de desnaturação por apresentarem uma estrutura terciária definida, caracterizadas por uma forma globular compacta tridimensional. Ao desnaturarem, as proteínas do soro reduzem a contração do coágulo da caseína do iogurte, diminuindo a sinérese. Durante o tratamento térmico, o binômio tempo/temperatura utilizado deve ser rigorosamente observado.