O tema microbioma tem despertado grande interesse público e científico na última década, inclusive com relação ao leite, cuja composição é dinâmica, com variações de número e espécies de microrganismos provenientes de diversas fontes. Somado a isso, a flexibilidade da composição da microbiota contribui consideravelmente nas propriedades sensoriais, qualidade e segurança dos produtos lácteos.

A prevalência de microrganismos no microbioma do leite é caracterizada por padrões de distribuição variáveis. O conjunto de táxons de ocorrência comum em um habitat específico é chamado de core microbiome ou microbioma central; sua identificação é importante para entender a estabilidade, a plasticidade e as funções dos microrganismos em determinados ambientes.

As técnicas moleculares têm sido utilizadas para a identificação do core microbiome de amostras de leite em estudos conduzidos em diferentes locais. Pesquisas já identificaram 12 táxons bacterianos em amostras de leite cru, com destaque para Ruminococcaceae, Acinetobacter, Clostridiales, Bacteroidales, Pseudomonas, Staphylococcus, Lachnospiraceae, Corynebacterium, Bacillus, Thermoanaerobacterium, comuns a todas as 19 fazendas leiteiras incluídas na pesquisa.

Dados provenientes de estudos de microbioma são importantes e desafiadores e novas abordagens aplicadas aos dados de pesquisas dessa natureza são imperativas tanto para o desenvolvimento futuro da área quanto para implicações práticas.